Isto ocorre em razão de característica da interpolação por Krigagem. 

A Krigagem é um método de interpolação geoestatístico, então, de certa forma, analisa uma tendência nos dados. Dependendo dos dados, por exemplo, se houver uma parte com valores zero, a tendência calculada pode ser de que os valores sigam diminuindo e sejam, portanto, menores que zero.

Depedendo do que é o mapa, não são desejados valores negativos e podem não fazer sentido. Em uma de recomendação, estes valores negativos calculados, apesar de certos pelo algoritmo escolhido, não fazem sentido prático e devem ser eliminados antes da aplicação.

A forma mais simples de eliminar estes valores é usando uma fórmula no FalkerMap Plus que tenha um limite mínimo de zero.

Se não desejar trabalhar com fórmulas, pode fazer o mapa usando o inverso da distância.